野生马齿苋和组织培养马齿苋的次生代谢物初步比较实验
先后主持厅局级课题2项,作为主要参加人参与国家自然科学基金面上项目6项,黑龙江省科技厅项目4项,厅局级项目3项:获国家专利1项,发表论文15余篇,其中SCI收录论文6篇,参与编写教材4部。
指导教师具有近二十年指导本科生毕业实习和毕业论文的经验,累计指导学生参与科研课题近百人,指导学生主持并参与大创课题4次,完全能保证全心全意、保质保量的指导、监督和帮助学生完成项目。
野生马齿苋和组织培养马齿苋的次生代谢物初步比较实验
先后主持厅局级课题2项,作为主要参加人参与国家自然科学基金面上项目6项,黑龙江省科技厅项目4项,厅局级项目3项:获国家专利1项,发表论文15余篇,其中SCI收录论文6篇,参与编写教材4部。
指导教师具有近二十年指导本科生毕业实习和毕业论文的经验,累计指导学生参与科研课题近百人,指导学生主持并参与大创课题4次,完全能保证全心全意、保质保量的指导、监督和帮助学生完成项目。
序号 | 学生 | 所属学院 | 专业 | 年级 | 项目中的分工 | 成员类型 |
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刘鲜玉 | 生命科学技术学院 | 生物工程 | 2020 | AMEP蛋白分离纯化 |
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潘昊 | 生命科学技术学院 | 生物工程 | 2019 | 流式细胞术检测等 |
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李逸轩 | 生命科学技术学院 | 生物工程 | 2019 | PCR、WB等实验 |
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王娅楠 | 生命科学技术学院 | 生物工程 | 2020 | AMEP作用效果分析 |
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舒瑶瑶 | 生命科学技术学院 | 生物科学类0710 | 2020 | 细胞形态学检测等 |
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序号 | 教师姓名 | 所属学院 | 是否企业导师 | 教师类型 |
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肖莉杰 | 生命科学技术学院 | 否 |
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抗菌肽(antimicrobial peptides, AMPs)是存在于生物体内具有抗菌活性的小分子多肽的总称,已被证实是一种分子靶向抗癌药物,同时,抗菌肽与现有疗法联合作用将极大改善抗癌药物对肿瘤细胞的选择性,并减少对健康组织的有害影响。近年来由于抗菌肽具有抗肿瘤活性而不具有抗原性的特征而受到了研究者的广泛关注,抗菌肽的开发与应用为癌症治疗带来了新的希望 。
本课题组在枯草芽孢杆菌中发现了一个功能未被定义的全新蛋白,将其命名为AMEP,GenBank登录号为WP_017418614.1。研究发现AMEP蛋白除具有较强的抗菌活性外,还具有抑制多种肿瘤细胞增殖的作用,转录组学分析AMEP蛋白可以激活肿瘤细胞凋亡或坏死相关的信号通路,然而,AMEP蛋白具体的抗肿瘤机制还有待于深入研究。因此,本项目旨在验证MEP蛋白的抗肿瘤活性,并初步揭示其抗肿瘤机制,为拓展AMEP蛋白的应用提供实验基础。
⑴ 明确AMEP蛋白的抗肿瘤活性
① AMEP蛋白抑制肿瘤细胞增殖的检测
② AMEP蛋白诱导肿瘤细胞凋亡的检测
⑵ 初步揭示AMEP蛋白抗肿瘤的作用机制。
③ AMEP蛋白影响肿瘤细胞细胞周期的检测
④ AMEP蛋白调控肿瘤细胞信号通路的检测
抗菌肽(antimicrobial peptides, AMPs)是存在于生物体内具有抗菌活性的小分子多肽的总称[1]。是生物体内先天免疫防御机制的重要组成部分,当病原菌侵入机体时,抗菌肽能够直接作用于病原菌,抑制其增殖甚至能够直接将其杀死[2]。目前,已从细菌、昆虫、植物和脊椎动物,包括人类中分离获得3000余种抗菌肽,这类活性多肽多数由12~100个氨基酸残基组成[3],大部分带正电荷,含有一个富含赖氨酸、精氨酸等阳离子的N端,C端则由非极性氨基酸丙氨酸、甘氨酸等构成,且 C 端大部分酰胺化[4]。抗菌肽具有强碱性(pI 8.9-10.7)、热稳定性、酸碱适应性、广谱抗菌性以及不易产生耐药性等特点。通过对抗菌肽的深入研究发现,抗菌肽不仅具有抗菌活性[5],某些抗菌肽还能激活免疫系统,参与细胞信号传导,调节细胞增殖,抗病毒,抗寄生虫,及抗肿瘤[6-10]等功能。
课题组成员长期进行抗菌肽的分离、鉴定、活性分析及功能性产品的研制与开发。2019年课题组在枯草芽孢杆菌中发现了一种具有较强抗菌活性的蛋白组分,单一蛋白组分经质谱测序和数据库比对分析,并未发现与该蛋白高度相似的抗菌序列,即该蛋白为一个功能未被定义的全新蛋白,将其命名为AMEP,GenBank登录号为WP_017418614.1。AMEP由76个氨基酸组成,分子量为8.36 kD,等电点为10.05,富含赖氨酸和亮氨酸等疏水氨基酸,其中Lys为12个占氨基酸总数的15.8%,17-36位氨基酸被预测为跨膜结构域,分子式为C402H629N95O94S2,原子总数为1222个,在大肠杆菌中的半衰期大于10小时,蛋白质亲水性的平均值为0.359。不稳定指数为1.35,为稳定的蛋白质。AMEP的二级结构主要由α螺旋组成,以多聚体形式稳定存在于水性溶液中,且具有良好的热稳定性。
研究显示,大多数具有抗癌活性的抗菌肽均具有α-螺旋的构象[11]。如Aurein家族抗癌肽具有两亲的α-螺旋结构,具有光谱的抗癌活性,对人体中 90%的癌细胞具有杀伤作用。如天蚕素 B1 (CB1) 具有极性脂质的表面,其活性主要来自于 cecropin B(CB)两个 α 螺旋的肽段,增加的 α 螺旋结构可增强 α-螺旋肽的稳定性,促使其更灵活有效地插入质膜,导致膜溶解,从而杀伤肿瘤细胞[12-13]。由 Bcl-2 蛋白家族促凋亡成员之一 BIM 与 Bcl-2 稳定 α 螺旋结构域 (SAHBs)组成的 BIM-SAHB A 结构域可靶向Bcl-2 通路,通过沉默血液癌症表达的抗凋亡基因,导致肿瘤细胞死亡[14-15]。另有研究报道[16]富含亮氨酸和赖氨酸的抗菌肽可抑制肿瘤细胞的转移。基于以上研究成果,我们推测,具有α-螺旋结构和富含亮氨酸/赖氨酸的AMEP蛋白也可能具有抗肿瘤活性。课题组采用不同浓度的AMEP蛋白处理肿瘤细胞,结果显示AMEP对所试的十种肿瘤细胞的增殖均具有不同程度的抑制作用(见工作基础),说明AMEP蛋白确实具有抗肿瘤活性。
与杀菌机制相比,昆虫抗菌肽抑制和杀死肿瘤细胞的机制要复杂得多。一是特异性破坏肿瘤细胞膜结构[17]。抗菌肽携带大量的正电荷[18]能够与携带大量负电荷的肿瘤细胞膜相结合,在肿瘤细胞膜上形成孔洞[19]破坏细胞膜的完整性从而杀死肿瘤细胞。二是抑制肿瘤细胞增殖。抗菌肽可以穿过肿瘤细胞的细胞膜进入细胞内部,作用于多个靶位点来破坏肿瘤细胞的内部结构,并且能够诱导核染色体 DNA 的断裂,以此来抑制肿瘤细胞 DNA 的合成,从而影响肿瘤细胞的增殖[20]一些抗菌肽能够通过抑制肿瘤血管的生成来降低肿瘤细胞的迁移和侵袭能力三是诱导肿瘤细胞凋亡。研究表明某些抗菌肽可以进入肿瘤细胞内部激活细胞内凋亡信号通路,引起细胞程序性死亡。那么,AMEP蛋白是通过何种途径发挥抗肿瘤活性的?课题组还进一步针对抑制效果突出的肿瘤细胞进行了转录组学分析,结果显示,AMEP可以激活肿瘤细胞凋亡或坏死相关的信号通路(见工作基础)。
综合国内外的文献报道及我们的前期研究结果,我们推测AMEP可抑制多种肿瘤细胞的增殖,并且通过诱导肿瘤细胞的凋亡从而发挥了抗肿瘤作用。然而,AMEP蛋白具体的抗肿瘤机制还有待于深入研究。本项目旨在探讨AMEP蛋白的抗肿瘤活性,并初步揭示其抗肿瘤机制,为拓展AMEP蛋白的应用提供实验基础。
参考文献:
[1] Harris F, Dennison SR, Singh J, et al. On the selectivity and efficacy of defense peptides with respect to cancer cells. Med Res Rev, 2011, 33(1): 190-234
[2] Riedl S, Rinner B, Asslaber M, et al. In search of a novel target-phosphatidylserine exposed by non-apoptotic tumor cells and metastases of malignancies with poor treatment efficacy. Biochim Biophys Acta, 2011, 1808(1): 2638-45
[3] Al-Benna S, Shai Y, Jacobsen F, et al. Oncolytic activities of host defense peptides. Int J Mol Sci, 2011, 12(11): 8027-51
[4] Hammami R, Fliss I. Current trends in antimicrobial agent research: chemo- and bioinformatics approaches. Drug Discov Today, 2010, 15(13-14): 540-6
[5] Hoskin DW, Ramamoorthy A. Studies on anticancer activities of antimicrobial peptides. Biochim Biophys Acta, 2008, 1778(2): 357-75
[6] Schweizer F. Cationic amphiphilic peptides with cancerselective toxicity. Eur J Pharmacol, 2009, 625(1-3): 190-4
[7] Dobrzynska I, Szachowicz-Petelska B, Sulkowski S, et al. Changes in electric charge and phospholipids composition in human colorectal cancer cells. Mol Cell Biochem, 2005, 276(1-2): 113-9
[8] Papo N, Seger D, Makovitzki A, et al. Inhibition of tumor growth and elimination of multiple metastases in human prostate and breast xenografts by systemic inoculation of a host defense-like lytic peptide. Cancer Res, 2006, 66(10): 5371-8
[9] Al-Hajj M, Clarke MF. Self-renewal and solid tumor stem cells. Oncogene, 2004, 23(43): 7274-82
[10] Gross S, Andra J. Anticancer peptide NK-2 targets cell surface sulphated glycans rather than sialic acids. Biol Chem, 2012, 393(8): 817-27
[11] Papo N, Braunstein A, Eshhar Z, et al. Suppression of human prostate tumor growth in mice by a cytolytic D-, L-amino acid peptide: membrane lysis, increased necrosis, and inhibition of prostate-specific antigen secretion. Cancer Res, 2004, 64(16): 5779-86
[12] Alvarez-Calderon F, Gregory MA, Degregori J. Using functional genomics to overcome therapeutic resistance in hematological malignancies. Immunol Res, 2013, 55(1-3): 100-15
[13] Schroder-Borm H, Bakalova R, Andra J. The NK-lysin derived peptide NK-2 preferentially kills cancer cells with increased surface levels of negatively charged phosphatidylserine. FEBS Lett, 2005, 579(27): 6128-34
[14] Lemeshko VV. Electrical potentiation of the membrane permeabilization by new peptides with anticancer properties. Biochim Biophys Acta, 2013, 1828(3): 1047- 56
[15] Wu JM, Jan PS, Yu HC, et al. Structure and function of a custom anticancer peptide, CB1a. Peptides, 2009, 30(5): 839-48
[16] Srisailam S, Arunkumar AI, Wang W, et al. Conformational study of a custom antibacterial peptide cecropin B1: implications of the lytic activity. Biochim Biophys Acta, 2000, 1479(1-2): 275-85
[17] Edison N, Reingewertz TH, Gottfried Y, et al. Peptides mimicking the unique ARTS-XIAP binding site promote apoptotic cell death in cultured cancer cells. Clin Cancer Res, 2012, 18(9): 2569-78
[18] Labelle JL, Katz SG, Bird GH, et al. A stapled BIM peptide overcomes apoptotic resistance in hematologic cancers. J Clin Invest, 2012, 122(6): 2018-31
[19] Iwasaki T, Ishibashi J, Tanaka H, et al. Selective cancer cell cytotoxicity of enantiomeric 9-mer peptides derived from beetle defensins depends on negatively charged phosphatidylserine on the cell surface. Peptides, 2009, 30(4): 660-8
① AMEP蛋白为课题组首次发现的一个功能未被定义的全新蛋白,对其生物学功能进行表征具有重要意义
② 抗菌肽具有抗肿瘤活性已较为明确,但作用机制根据不同种类的抗菌肽有很大区别,本研究探讨AMEP的抗肿瘤作用机制,可丰富抗菌肽的理论研究
③ 辅助治疗药物在癌症治疗中被广泛使用,但副作用较大,而抗菌肽与现有疗法联合作用会极大改善抗癌药物对肿瘤细胞的选择性,并可有效减少对健康组织的有害影响,因此,研究抗菌肽AMEP的抗肿瘤机制将为拓展AMEP蛋白的应用提供实验基础,也为抗菌肽的开发与应用提供支撑数据。
⑴ 明确AMEP蛋白的抗肿瘤活性,为AMEP蛋白作为癌症治疗的有效药物提供实验基础;
⑵ 初步验证AMEP蛋白抗肿瘤的作用途径,为AMEP蛋白在肿瘤治疗上的应用提供理论基础。
(1) 明确AMEP蛋白的抗肿瘤活性,扩展AMEP蛋白的应用领域;
(2) 初步验证AMEP蛋白诱导肿瘤细胞凋亡的作用途径,为开发AMEP蛋白成为抗肿瘤药物提供理论基础和实验依据。
(3) 发表2篇B类以上级别(含B类)学术论文
(4) 指导本科毕业生4-5人,申报大创课题1-2次,参与大创竞赛1-2次。
(1) 2022年6月-2022年12月,AMEP蛋白抑制乳腺癌细胞株4T1.2细胞增殖的检测、AMEP蛋白诱导肿瘤细胞凋亡的检测,明确有效的剂量范围
(2) 2023年1月-2023年12月,AMEP蛋白对4T1.2细胞迁移、侵袭及凋亡的作用;细胞周期的检测、增殖与凋亡相关细胞通路蛋白活性的检测、增殖与凋亡相关信号通路下游靶基因的检测
(3) 2024年1月-2024年5月,整理实验数据、撰写论文、撰写结题报告、结题
(1) AMEP蛋白的分离、纯化及鉴定
题组筛选了稳定表达AMEP蛋白的枯草芽孢杆菌BU412菌株,优化了发酵培养条件,蛋白表达量较高,采用Source Q阴离子交换层析和Superdex 75分子筛层析对抗菌蛋白进行逐级纯化,获得了高纯度的AMEP蛋白。
(2)AMEP蛋白抑制肿瘤细胞增殖
选取了10种肿瘤细胞,人肝癌细胞HepG2、人肺癌细胞A549、人胃腺癌细胞BGC-823、人子宫颈癌细胞Hela、人子宫鳞状细胞癌细胞SiHa、恶性胶质母细胞瘤细胞U87MG、人前列腺癌细胞PC-3、人结肠癌细胞HT-29、小鼠乳腺癌细胞4T1、人转移胰腺癌细ASPC-1。培养细胞,以不同浓度的AMEP(0 - 200ug/mL)处理细胞,采用CCK-8法检测处理24 h后细胞的增殖情况。结果见表1、图1。
表1 不同肿瘤细胞在不同药物浓度下的细胞活力和IC50值汇总表
结果显示,AMEP蛋白对各肿瘤细胞均显示出抑制作用,IC50值在48.79-122.70μg/mL之间。
图1 AMEP蛋白作用于 10 种肿瘤细胞 IC50 汇总图
① 从上述实验结果综合分析可知,受试的AMEP蛋白在设定的浓度范围内,对十种肿瘤细胞均有不同程度的抑制作用,并均能计算出IC50值,说明前期设定的浓度梯度范围较为合理。
② 每种细胞在细胞活力测定和镜下图两方面,均可体现出药物的抗肿瘤效果;
③ 从IC50值可见,AMEP蛋白对乳腺癌细胞4T1.2抑制效果最佳,其次是脑胶质瘤U87MG、胃癌BGC-823以及人子宫鳞状癌SiHa细胞,建议后期研究时更加关注这类癌种。另外,AMEP蛋白对肝癌也有一定的抑制作用,但相比其他肿瘤IC50值最大。
(3)AMEP蛋白作用4T1.2细胞的转录组分析
选取了AMEP作用IC50值最低的小鼠高转移性乳腺癌细胞株4T1.2(IC50为48.79 ug/mL),AMEP蛋白设定为 50 ug/mL。培养细胞,收集细胞,制备细胞悬液,制备复数批量样本,随机分为对照组和给药组。24 小时细胞贴壁后给药组更换为含 50 ug/mL AMEP蛋白的培养基,对照组更换为原始培养基,待细胞收缩时,收集各组细胞样品。
图2 差异基因的火山图
我们使用火山图来直观展示每个组合比较的差异基因分布情况,从而展示了基因丰度、变化幅度与统计显著性之间的关系。一般来说,丰度较大,变化明显且显著性较高的基因可以作为后续分析与实验研究的靶点。火山图展示的是差异倍数与padj值之间的关系,靠近左上角和右上角的基因即为统计显著性较强且变化幅度较大的基因。结果见图2。
图中横坐标为差异倍数(log2FC),纵坐标为显著性(-log10padj),红色和蓝色分别代表显著上调和显著下调的基因,灰色为不显著变化基因。标签标注的点为显著变化排名前20的基因名称。
同时,还进行了KEGG富集分析,结果见图3。
图3 KEGG条目柱状图
经过转录分析,发现AMEP蛋白能够引起多个差异基因的显著上调(cyp1b1、Ccn2)和下调(Nos2、Prl2c3、Prl2C2)。此外,经KEGG富集分析得知,AMEP主要可以影响以下通路:TNF signaling pathway、IL-17 signaling pathway、Fanconi anemia pathway、Legionellosis、NF-kappa B signaling pathway、Rheumatoid arthritis、Homologous recombination。以上通路包括了炎症、血管生成和肿瘤细胞凋亡或者坏死相关路,这些结果在转录水平上支持了AMEP蛋白对4T1.2 细胞的抑制活性。
本项目研究条件及相关技术方法均已具备,课题组也具有承担类似课题的经验,学院及实验室也具备完成实验所需要的设备和仪器,预计可以保障项目的顺利完成。
开支科目 | 预算经费(元) | 主要用途 | 阶段下达经费计划(元) | |
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前半阶段 | 后半阶段 | |||
预算经费总额 | 10000.00 | 实验所用各种试剂、耗材及论文发表所需版面费 | 5000.00 | 5000.00 |
1. 业务费 | 3000.00 | 论文出版:文章版面费 | 0.00 | 3000.00 |
(1)计算、分析、测试费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(2)能源动力费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(3)会议、差旅费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(4)文献检索费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(5)论文出版费 | 3000.00 | 文章版面费 | 0.00 | 3000.00 |
2. 仪器设备购置费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
3. 实验装置试制费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
4. 材料费 | 7000.00 | 培养基、细胞株、各种试剂(盒)、耗材 | 5000.00 | 2000.00 |